Pod koniec 1979 roku na polach przyległych do Olsztyna, nie opodal wsi Jaroty, zaczyna wyrastać osiedle Nagórki. Nowo wybudowane bloki zasiedlają pierwsi mieszkańcy z miasta i okolic. Olsztyn rozrasta się dynamicznie z roku na rok. W tych trudnych dla Kościoła katolickiego czasach wielką troskę o życie religijne i duchowe największego w Diecezji Warmińskiej miasta podejmuje Biskup Józef Glemp. W Olsztynie i Gietrzwałdzie rozpoczynają się modlitwy i pielgrzymki w intencji uzyskania zezwolenia władz państwowych na budowę tak potrzebnych duszpasterstwu olsztyńskiemu nowych kościołów.
12 października 1979 roku budowniczy parafii p.w. Bogarodzicy Dziewicy Matki Kościoła śp. ks. prał. Bronisław Magdziarz otrzymał od Biskupa Warmińskiego propozycję zamieszkania przy kaplicy Matki Bożej Szkaplerznej w Jarotach i podjęcia starania o budowę nowego kościoła dla mieszkańców powstającego osiedla. Jego zadaniem było wzniesienie Domu Bożego na Nagórkach lub Jarotach.
8 stycznia 1980 roku, dekretem Biskupa Warmińskiego, ustanowiona została samodzielna placówka duszpasterska przy kaplicy Matki Bożej Szkaplerznej w Jarotach, wyłączona z parafii Bartąg, która miała obejmować swą posługą duszpasterską zarówno mieszkańców Jarot, jak i przybywających na osiedle Nagórki jego nowych lokatorów.
8 grudnia 1980 roku Biskup Warmiński erygował parafię Bogarodzicy Dziewicy Matki Kościoła w Olsztynie-Jarotach. Dzięki nadzwyczajnym staraniom ks. kard. prymasa Polski Józefa Glempa, otrzymaliśmy w dniu 20 grudnia 1980 roku zezwolenie władz wojewódzkich na rozbudowę kaplicy w Jarotach.
Na skrawku ziemi przyległej do kaplicy w Jarotach oraz dzięki życzliwości sąsiadów, których posesje okalały kaplicę, a którzy odpisali notarialnie ze swoich działek potrzebne na plac kościelny odpowiednie metry kwadratowe ziemi, powstała możliwość, by na 500m2 powierzchni posadowić bryłę kościoła, która według ówczesnej nomenklatury władz wojewódzkich musiała się nazywać “rozbudową kaplicy”. Entuzjazm mieszkańców Jarot i Nagórek dla budowy świątyni był tak wielki, że już 8 czerwca 1981 roku, w pierwszy odpust w święto Bogarodzicy Dziewicy Matki Kościoła, biskup Julian Wojtkowski poświęcił i wmurował kamień węgielny, który otrzymaliśmy spod konfesji św. Wojciecha z Gniezna. Entuzjazmu i zapału do budowy nowego kościoła nie podzielały ówczesne władze. Dowodem tego było zrywanie ogłoszeń parafialnych w poszczególnych klatkach schodowych, a nade wszystko utrudnienie na wszelkie sposoby zdobywania koniecznych materiałów budowlanych. Wielu ludzi, którzy kupowali materiały budowlane dla siebie, oddawało je kościołowi. Nie brakowało również życzliwości różnych przedsiębiorców, dla których budowa pierwszego po wojnie kościoła w Olsztynie stała się sprawą honoru.
Tak powstał nowy kościół na Jarotach. Żywe zainteresowanie tą budową przejawiał Biskup Warmiński Józef Glemp, który choć od 7 lipca 1981 roku był już na Stolicy Prymasowskiej, podjął starania w Wiedniu, by znaleźć dla tutejszej budowy odpowiednie fundusze. Było też wielu innych, często bezimiennych ofiarodawców, wspomagających wznoszenie świątyni. O tempie budowy mogą świadczyć fakty:
- 8 września 1981 roku goszczący w Olsztynie ksiądz Prymas chodził już po stropie dzielącym kościół dolny od górnego.
- 15 listopada 1981 roku biskup Jan Obłąk dokonał poświęcenia kaplicy pod wezwaniem Świętej Rodziny w dolnej kondygnacji kościoła oraz prowizorycznie zadaszonego górnego kościoła.
W latach 1983 i 1984 trwały dalsze prace nad wykończeniem kościoła, zaznaczone trzema najistotniejszymi wydarzeniami:
- 6 kwietnia 1984 roku, na specjalnej audiencji, Ojciec Święty Jan Paweł II błogosławił budowie naszej świątyni i złożył swój podpis na pamiątkowym folderze.
- 2 sierpnia 1984 roku przy pomocy helikoptera został osadzony na wieży kościoła krzyż, który wykonano ze stali nierdzewnej. (Ma on 12 metrów wysokości i waży 1,5 tony.)
- 18 listopada 1984 roku Prymas Polski kard. Józef Glemp, przy współudziale Biskupa Warmińskiego Jana Obłąka oraz biskupów: Juliana Wojtkowskiego i Wojciecha Ziemby, dokonał uroczystej konsekracji ołtarza i świątyni Bogarodzicy Dziewicy Matki Kościoła.
Kościół w Jarotach potrzebował też odpowiedniego domu parafialnego, by móc w pełni prowadzić pracę duszpasterską. Po długotrwałych zabiegach u władz wojewódzkich i miejskich, dopiero 5 kwietnia 1987 roku uzyskaliśmy znowu zgodę tylko “na rozbudowę” domu parafialnego – ironia tamtych czasów. 21 kwietnia 1987 roku na powierzchni 300m2, rozpoczęły się prace, które prowadzone w tempie jak przy budowie kościoła zamknęło poświęcenie Domu Parafialnego im. bł. Karoliny Kózkówny w dniu 23 maja 1988 roku. Aktu poświęcenia domu dokonał Biskup Warmiński Edmund Piszcz.
Niewątpliwie stwierdzić trzeba, że atmosfera i czasy, w jakich powstała jarocka świątynia, były niepowtarzalne.